Права 777 устанавливаете?
Попробуйте, как вариант, 755. Когда в сапе начнет выдавать error-ы, 777 поставьте обратно, если, конечно, чудесным образом, файлы опять куда-нибудь не пропадут
Хотя блин не факт, что ссылки на сайте раскупают и они выпадут в ерроры, если уж такое дело... Да и вряд ли с правами тут дело, хм...
Файл что, сразу пропадает? Или через определенное время?